Город основан между 1552 и 1555 как пограничный форпост на реке Суре. Сначала состоял из военной крепости, вокруг которой в последующие годы образовались посад, Стрелецкая, Ямская и Казачья слободы. В 16-17 вв. в Алатыре были основаны 3 монастыря: в 1584 г. - Свято-Троицкий мужской, до 1601 г. - Николаевский Стародевичий (упразднен в 1764 г.), в 1639 г. - Киево-Николаевский Новодевичий. До 1708 г. Алатырь управлялся Приказом Казанского дворца, в 1708 г. вошел в Казанскую, а в 1714 в Нижегородскую губернии. В 1719-79 гг. – Алатырь - центр одноименной провинции Нижегородской губернии, в 1779 г. вновь приписан к Казанской губернии. В 1780 г. включен в Симбирское наместничество, в 1796 г. переименованное в губернию. В 1925 г. Алатырь вошел в состав ЧАССР, с 1 октября 1927 г. - центр одноименного района.
В 16-17 вв. основным занятием населения города Алатыря были земледелие и военная служба, в 18 веке развиваются ремесла и торговля, в 19 в. значительную роль в жизни горожан играют отхожие промыслы. В 1860 г. в Алатыре имелись 3 шелкопоясные фабрики, крахмальный, поташный и 12 кирпичных заводов. В начале 20 в. действовали 2 лесопильных, 13 кирпичных заводов, типография, 9 мельниц, больница, духовное, уездное училище, женская и мужская гимназии.

Свято-Троицкий мужской монастырь был расположен в самом городе, точной даты основания нет. Документы уничтожены пожарами. В архивах Троице-Сергиева монастыря, ставшего в 1774 г. лаврой, сохранилось дело, в котором отмечается, что «в 1615 г. к нему приписан Алатырский мужской монастырь по причине его бедствия, с 1612 г. монастырем управляли строители-игумены, с 1765 г. – архимандриты, с 1782 г. – игумены, с 1796 г. настоятель монастыря утвержден в сане архимандрита и монастырь приписан к 3 классу». Монастырь расположен в северной стороне города, главный храм во имя Святой Троицы сооружен в центре монастыря. До второй половины XVIII в. все храмы, колокольни и прочие здания были деревянными. В 1748 г. по указу Троице-Сергиевой лавры (при настоятеле Меркурии) на месте деревянной церкви был заложен каменный храм, который был построен в 1753 г. Храм Св. Троицы был вновь перестроен в 1805-1808 гг. В это же время была сооружена отдельно стоящая трехъярусная колокольня. В 1801 г. с северной стороны главного храма на расстоянии 9 сажен была построена церковь во имя Сергия Радонежского, обновлена в 1906 г., двухпрестольная: Св. Сергия Радонежского, Божией Матери Казанской.
Святыни: икона Божией Матери Казанской и икона Нерукотворного Образа Спасителя.
В течение 1818-1848 гг. на территории монастыря были возведены каменный двухэтажный дом для настоятеля, с пристроем келий для монахов, каменный корпус двухэтажной братской трапезной и другие братской трапезной и другие хозяйственные постройки. В монастыре имелась гробница схимонаха Вассиана, гроб которого был обнаружен, по преданию, в 1748 г. Во время пожара 1906 г. в Алатыре сгорел со всеми церквами и постройками Троицкий монастырь, братия переселилась в приписную к монастырю Духову пустынь.
Наместником Свято-Троицкого мужского монастыря является архимандрит Иероним.

Рождественский Скит
Земельный участок для строительства Рождественского Скита был выделен в 1998 году. В настоящее время скит владеет 240 гектарами земли. Первый камень строительства Рождественского Скита был заложен в апреле 1999 г. В июле 2000 г. администрация Алатырского района разрешило Свято-Троицкому мужскому монастырю г. Алатырь начать строительство скита. Тогда же по благословению Митрополита Чебоксарского и Чувашского Варнавы было начато строительство Храма Рождества Христова. Первыми поселенцами стали 45 братьев Свято-Троицкого мужского монастыря. Наместником Рождественского Скита является отец Иероним.
В настоящее время Рождественский Скит газифицирован, имеется водопровод, строится подъездная дорога с твердым покрытием. Строительство ведется за счет пожертвований и помощи государства.

Время основания Алатырского Киево-Николаевского 3-классного необщежительного женского монастыря точно не установлено. Существует лишь несколько версий. В сказке (так называли документы делопроизводства в России в XVII-XVIII вв.) о монастыре, поданной в 1764 г. в Нижегородскую Консисторию, говорится об открытии монастыря в 1603 г. В описи за тот же год также приводится дата – 1603 г.
В начале XVII в. монастырь был разрушен, но вскоре в 1622 г. его восстановили. В 1639 г. монастырь отдается бывшей литовской изгнаннице, игуменье Покровского Ладинского монастыря Елизавете. Она нашла, что монастырь находится в запущенном состоянии и получила разрешение построить монастырь на новом месте. Постройки Киево-Николаевского монастыря сгорели в 1671 г. во время восстания Степана Разина, но через год он был вновь отстроен. При монастыре были построены Вознесенская каменная церковь в 1753 г., (трехпрестольная: Вознесения Господня, Св. Тихона Задонского, великомученика Пантелеймона), Покровская каменная в 1762 г. (двухпрестольная: Покрова Пресвятой Богородицы, Св. Дмитрия Ростовского Чудотворца) и Никольская каменная в 1757 г.
Игуменья Елизавета на новом месте возвела церковь Св. Николая Чудотворца, после ее смерти в 1700 г. была построена теплая деревянная церковь во имя Знамения Пресвятой Богородицы. В 1740 г. обе церкви сгорели. На средства пожертвователей были восстановлены: теплая – в 1743 г., а холодная – в 1753 г.
Монастырь действующий.
Настоятельницей Киево-Николаевского Новодевичьего женского монастыря г. Алатырь является монахиня Елисавета.